目标区域测序（Target Region Sequencing, TRS）是根据感兴趣的基因组区域设计特异性探针，与基因组DNA进行液相杂交，将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序的研究策略。

图1 技术流程

华大可提供以下两种目标区域捕获探针：Agilent SureSelect Target Enrichment System及NimbleGen SeqCap EZ Choice。

1、Agilent捕获系统

      Agilent SureSelect Target Enrichment System液相捕获，是基于120mer的RNA寡核苷酸探针或者叫“baits”。Baits上连接的生物素，可以被链霉亲和素标记的磁珠吸附。打断后的基因组片段，与baits进行杂交，捕获目标片段。利用磁珠吸附出带有baits的DNA片段后，进行磁珠洗脱、RNA探针降解，最终获得目标区域DNA片段。

图2 Agilent SureSelect捕获流程

2、NimbleGen捕获系统

      与Agilent的捕获原理类似，NimbleGen采用DNA探针，以高密度探针著称，因此价格也相对较高。如下图所示，NimbleGen利用高密度的50-105mer的DNA探针来覆盖目标区域。

图3 NimbleGen探针设计示意图

定制化芯片型号

标准信息分析

1. 去除接头污染和低质量数据

2. 数据通过BWA与UCSC hg19数据库进行比对

3. 数据产量统计分析、测序深度分析、覆盖度均一性分析

4. SNP变异信息检测（SAMtools、SOAPsnp、GATK）

5. SNP的RefGene注释

6. SNP数据库分析（与dbSNP、千人基因组数据、ESP外显子组数据库以及炎黄基因组（仅亚太地区）数据进行数据库注释分析）

7. 单样品SNP保守性预测、致病性分析（仅针对人类样本，软件：SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores、Mutation assessor、Condel、FATHMM）

8. SNP在各基因功能元件上的分布统计

9. InDel变异信息检测(SAMtools、GATK)

10. InDel的RefGene注释

11. InDel数据库分析（与dbSNP 、千人基因组数据、ESP外显子组数据库、炎黄基因组（仅亚太地区）进行数据库注释分析）

12. InDel在各基因功能元件上的分布统计

注：SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores、Mutation assessor、Condel、FATHMM这几个数据库的分析仅针对人类样本。