动植物de novo测序即动植物从头测序，指不需要任何参考序列信息即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动植物的全基因组序列，带动这个物种下游一系列研究的开展，从而推进该物种的研究。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。

产品优势

测序通量高：30+DNBSEQ、1台PacBio Sequel 、1台PacBio Sequel II、2台 Nanopore PromethION测序仪保证超高测序通量。

测序质量好：每种测序平台均执行严格质控，保证测序质量。 

平台多样化：PacBio/ Nanopore/DNBSEQ/Hi-C/stLFR多技术平台，为基因组组装提供整体解决方案。

 应用范围广：基因组图谱的完成为后续基因挖掘、物种起源及进化等研究提供大量数据支撑。 

项目经验足：分析人员从业时间久、资历深、经验丰富，精通基因组产品相关的各种分析，为项目的顺利交付保驾护航。

 结果产出高：华大基因已经成功完成1000多个物种的全基因组从头测序，合作发表顶级期刊文章245篇，封面文章27篇。

产品应用

获得物种的参考序列

研究物种起源与进化历史

挖掘功能基因

搭建物种数据库

研究内容

基因组Survey：

1.       通过多个Kmer 估计基因组大小和基因组杂合率，重复水平；

基因组组装(PacBio HiFi)：

1.       组装；

2.       短序列比对评价；

3.       BUSCO 评价；

基因组组装(PacBio CLR/Nanopore+NGS)：

1.       数据纠错；

2.       组装；

3.       组装结果长读长纠错；

4.       组装结果短读长纠错；

5.       BUSCO 评价；

stLFR组装:

1.      stLFR 组装得到Scaffold；

2.      补洞；

3.      构建Super-Scaffold;

Hi-C 辅助组装：

1.      数据测试;

2.      Hi-C分析;

3.      手工矫正，获得染色体；

4.      近缘物种比较，染色体定名；

基因组注释：

1.       repeat注释

2.       基因结构注释

3.       基因功能注释

进化分析：

1.       基因家族鉴定（10个物种以内）；

2.       物种系统发育树构建;

3.       物种分化时间估算;

4.       基因组共线性分析;

5.       全基因组复制分析;

6.       基因家族扩张收缩分析;

7.       转录因子预测；

8.       特定基因家族分析；

• 定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。